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工厂化水产养殖的水处理，主要处理水体中的废弃物，包括由于投喂饵料而引起的残饵、未消化吸收的营养成分和代谢排泄物等。养殖鲑鳟鱼类，饲料中的13%蛋白质、8%的脂肪、40%的碳水化合物、17%的有机质、50%灰粉和23%的干物质被鱼类作为代谢物排入水中，既有可溶性物质如氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐等，也有固体物和悬浮物，有些物质的积累会对养殖鱼类产生生理影响和毒性作用。 在水产养殖中，悬浮物对水中鱼类有很大影响，尤其是在高密度循环水养殖中。主要表现在： 1.对鱼类造成身体损伤 悬浮物颗粒会对水中的鱼类造成身体损伤如：堵塞鳃孔、刺激鳃丝和粘膜。其影响程度取决于悬浮物颗粒的性质、硬度和形状，也取决于鱼类品种及其耐性。 2.造成鱼类呼吸困难，严重时导致窒息死亡 水体悬浮物过多会使水中浊度增加，而水体浑浊会干扰鱼类的行动，影响产量。生产实践中发现，悬浮物过多会阻碍鱼类呼吸。尤其是水泥塘或土塘养殖模式，由于雨水或风沙等冲刷带入黏土泥沙，影响鱼类呼吸，导致鱼类浮头甚至窒息死亡。 3.浑浊度过高会影响鱼的食欲 研究表明，水体浑浊呈白灰色或奶白色会使鲈鱼不吃食，易缺氧，致使鱼类发病、中毒;循环养殖中养殖罗非鱼、鲢鱼，浑浊水体达到SS为70-80mg/L时，鱼群食欲差，抢食不剧烈，生长缓慢;水质改良到SS为49-53mg/L，鱼类食欲旺盛，抢食剧烈，生长较快。 4.适应性变差 长期处在浑浊度高的水体中，某些鱼类适应了高浊度环境，对浑浊的耐受能力增强，假如水体浊度突然改变，比如向养殖水体中大量去除悬浮物，或将鱼类从高浊度水转入低浊度水中对鱼类影响更为显著，甚至死亡。 养殖水体中的悬浮物的积累，使水体浑浊，影响养殖鱼类鳃体的过滤和皮肤的呼吸，增加鱼类胁迫压力，恶化水质、消耗水中的溶解氧。工厂化水产养殖过程中及时清除养殖水体中的悬浮物是非常必要的。
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